Formations universitaires

Pour les étudiants de Master en biologie des universités francophones 

Alors que la perte de la biodiversité constitue l’une des principales inquiétudes pour les sociétés modernes, le lien entre le citoyen et la Nature s’est distendu. Le Jardin botanique de Meise cherche au travers de ses activités de vulgarisation scientifique et de diffusion des connaissances à expliquer les enjeux relatifs à la protection de la biodiversité.

C’est dans cette démarche que s’inscrivent les enseignements dispensés au sein du Jardin botanique. Ils ont pour objectif principal de former les étudiants de Master en biologie des universités francophones aux disciplines naturalistes : la mycologie, la botanique, la systématique et la taxonomie. Ces disciplines traditionnelles enseignées dans leur version moderne sont les pierres angulaires de la compréhension du Vivant et in fine de sa protection ; elles constituent également le cœur de métier des chercheurs du Jardin botanique. 

Cours théorique (2 jours) - Module Evolution et Écologie

« Le Jardin botanique de Meise : une institution tournée vers la systématique et la conservation de la diversité botanique »

Histoire de la systématique et de la taxonomie botanique : impact sur les classifications. Diversité, systématique et évolution, caractères importants dans les descriptions et pour l’identification de différents groupes taxonomiques (plantes, champignons et lichens). Processus d’identification, méthodes et informatisation des connaissances. Méthodes de construction et évaluation de la qualité des arbres phylogénétiques. Visites de l’Herbier et du Jardin systématique.

Cours à option (10 jours) dans le cadre de la préparation à la carrière professionnelle

« Création d’une base de connaissances Xper3 pour différents groupes de plantes terrestres et de champignons » 

Collectes de matériels, consultations de matériels d’herbier, observations de caractères macro- et microscopiques et étude de la littérature afin de créer un modèle descriptif pour un groupe taxonomique donné (mousse, plantes à fleur, conifère, champignons…). Informatisation de descriptions taxonomiques sous Xper3 sur base d’une matrice morphologique. Test de la base ainsi créée pour l’identification de quelques espèces incluses dans la base.

« Systématique, taxonomie et reconstructions phylogénétiques : du caractère aux relations entre taxons et inférence sur les arbres phylogénétiques »

Rappels de phylogénie (moléculaire). Familiarisation avec Genbank et mise en place d’une matrice moléculaire pour le même échantillonnage taxonomique que la matrice morphologique (module précédent). Alignement de séquences - alignement global (Needleman and Wunsch), alignement local (Smith and Waterman, BLAST), alignement multiple (Clustal Omega, MAFFT, MUSCLE, T-Coffee, ajustement manuel) et profils. Reconstruction de phylogénie à partir de différentes méthodes (parcimonie, bayésien et vraisemblance) et de différents jeux de données (morphologique vs. moléculaire et combinés). Parcimonie - arbres phylogénétiques, longueur d'un arbre (algorithme de Fitch), cartographie des états de caractères, heuristiques de recherche, support statistique (ex. bootstrap) et congruence phylogénétique. Méthodes probabilistes - vraisemblance et inférence bayésienne (principe, algorithmes, modèles, avantages et sélection de modèle, support statistique, congruence phylogénétique, estimation des artefacts : saturation mutationnelle et attraction des longues branches). Comparaison des arbres et inférences sur les arbres (par ex.  biogéographie, évolution de caractère, datation).

Infos : Timothée Le Péchon (timothee.lepechon@jardinbotaniquemeise.be) ou Jérôme Degreef (jerome.degreef@jardinbotaniquemeise.be)

Campus
Jardin botanique de Meise 

Évaluation

Méthode(s) d'évaluation
Un examen oral (présentation de la base de connaissances) et un examen écrit (exercice de phylogénie) seront proposés.

Langue(s) d'évaluation
français